תוכנית אוגנדה, שהוצגה בקונגרס הציוני השישי ב-1903, עוררה מחלוקת קשה בקרב התנועה הציונית. הוויכוח בין תומכיה לבין מתנגדיה, בהובלת ציוני רוסיה, החריף עד כדי איום בפילוג. ההתנגדות לתוכנית הגיעה לשיאה בוועידת חרקוב, שנערכה בנובמבר 1903, ונמשכה בוועידת הפיוס באפריל 1904, עד שסופה הסופי הגיע עם ירידת קרנה של ההצעה בעיני הבריטים ודחייתה בקונגרס הציוני השביעי ב-1905.
ועידת חרקוב: התנגדות מאורגנת להחלטת הקונגרס
בוועידת חרקוב, שהתכנסה בנובמבר 1903, התאגדו צירי רוסיה, שהובלו בידי מנחם אוסישקין, כדי להתנגד לתוכנית אוגנדה ולהעמיד בפני הרצל אולטימטום: הוא נדרש לסגת מכל תוכנית טריטוריאלית מחוץ לארץ ישראל ולהתחייב לכך בכתב. כמו כן, הם דרשו שכינוס הוועד הפועל הגדול יקדים את שליחת משלחת החקר למזרח אפריקה.
מעבר לדרישות הפוליטיות, המתנגדים איימו להפסיק את תשלום מסי השקל הציוני לווינה, ובשלב מסוים אף שקלו להקים ארגון ציוני עצמאי. הרצל, מצדו, לא התייחס לוועידה כגוף לגיטימי, ופרסום הכוונה לפילוג בעיתון די ולט פגע קשות בתדמית ציוני רוסיה. כך, באופן פרדוקסלי, קו המאבק החריף של מתנגדי התוכנית פגע בהם עצמם.
ועידת הפיוס: ניסיון לאחות את הקרע
על רקע פולמוס אוגנדה החריף, כונסה "ועידת הפיוס" באפריל 1904 בניסיון להרגיע את המתח. ההסכם שהושג בוועידה קבע כי החלטת הקונגרס השישי תכובד, ותישלח משלחת חקר למזרח אפריקה. עם זאת, הרצל הבהיר כי לבו נותר נתון לארץ ישראל וכי התוכנית נועדה בראש ובראשונה לשמש מנוף דיפלומטי מול הבריטים.
בעוד שההסכם התקבל כהצלחה מסוימת להרצל, הרי שבעיני רבים הוא גם סימן את כניעתו ללחץ האופוזיציה. ציוני רוסיה, שהובילו את המאבק, הצליחו לרכך את נחישותו, אך מנחם אוסישקין עדיין ראה בכך כישלון, שכן התוכנית לא נגנזה לחלוטין.
סוף תוכנית אוגנדה
גורמים חיצוניים תרמו גם הם לקריסת התוכנית. בסוף 1903 פרש ג'וזף צ'מברלין מתפקידו כשר המושבות הבריטי, מה שהפחית את ההתלהבות הבריטית מההצעה. במקביל, קומץ מתיישבים בריטים במזרח אפריקה התנגדו להתיישבות היהודית וכינו את התוכנית בגנאי "Jewganda".
למרות זאת, משלחת החקר יצאה לדרכה בינואר 1905 והגישה דו"ח מפורט לממשלת בריטניה. מסקנות החוקרים היו חד-משמעיות: האזור אינו מתאים להתיישבות יהודית.
לבסוף, בקונגרס הציוני השביעי, שנערך לאחר מותו של הרצל, נדחתה רשמית תוכנית אוגנדה, והציונות חזרה להתמקד בלעדית בארץ ישראל. כך הסתיים הפרק הדרמטי ביותר בוויכוח הציוני עד לאותו זמן, אך השאלות האסטרטגיות שהוא הציף ליוו את התנועה שנים רבות קדימה.