בעקבות פרעות קישניב שהיו בשנת 1903 החליט הרצל לחזור להצעתו של צ'מברלין להתיישב באוגנדה ואכן באותה שנה התכנס הקונגרס הציוני השישי בזמן הפרעות ואחרי הכישלונות הדיפלומטיים של הרצל. הרצל העלה את ההצעה לקונגרס והוא ציין שהוא יודע שא"י היא הארץ היחידה שלעם היהודי יש איתה קשר היסטורי וקדוש אך המצב כרגע בו נמצאים היהודים הוא מצב חירום ופרץ ויכוח בין המתנגדים לבין התומכים כאשר רוב המתנגדים היו מתוך יהדות מזרח אירופה שאותה בעצם הרצל רצה להציל. הויכוח אודות תוכנית אוגנדה היה ביטוי נוסף למתח ששרר בין הזרמים השונים בציונות והוא היה נקודת מפנה חשובה בקורותיה של התנועה הציונית.
נימוקי התומכים בתוכנית אוגנדה:
- אוגנדה תהייה מקלט זמני עבור יהודי רוסיה שנמצאים בסכנה.הציונות תמשיך לפעול למען הקמת מדינת יהודית בא"י.
- הכרה של מעצמה כמו בריטניה היא חלום ציוני.צ'מברליין אישר ליהודים להתיישב באוגנדה והכיר בהסתדרות הציונית כנציגה רשמית של היהודים.
- הישוב יהיה תחת חסות בריטניה מעצמה חזקה ולא תחת חסות האימפריה העות'מאנית שמתפוררת.
- יש הראו בריכוז היהודים באוגנדה הזדמנות להכשיר אותם לעלייה לא"י,לעבוד אדמה ולהכין אותם לקראת התיישבות בא"י.
נימוקי המתנגדים לתוכנית:
- תוכנית אוגנדה מנוגדת למה שהוסכם בתוכנית באזל שבה נקבע שרק א"י היא היעד של התנועה הציונית.
- יש החששו שאוגנדה תהפוך להיות ממקלט זמני למדינה קבועה,המעצמות לא יתנו ליהודים להקים מדינה בא"י מכיוון שיטענו שיש להם את אוגנדה בתור מדינה.
- היהודים ציוני רוסיה ראו בהצעץ אוגנדה בגידה בהיסטוריה ובערכי העם היהודי
- היהודים ילכו בהמוניהם רק לא"י אליה הם קשורים בקשר היסטורי.
- התיישבות זמנית באוגנדה תבזבז את המשאבים של התנועה הציונית.
למרות שזכתה הצעת אוגנדה לרוב בעקבות כך שמתנגדי ההצעה איימו לפרוש הרצל לא הצליח לפשר בין המתנגדים לתומכים הרצל הציע לשלוח משלחת ציונית-בריטית שתבדוק את תנאי ההתיישבות באוגנדה, המשלחת חזרה עם המסקנה שתנאי החיים באוגנדה לא מאפשרים התיישבות וההצעה הוסרה מסדר היום של ההסתדרות התנועה הציונית. עם זאת תוכנית אוגנדה הביאה למה שנודע לימים בתור "פולמוס אוגנדה" שמהווה את אחת מאבני הבוחן ההיסטוריות לדרכה של התנועה הציונית.
