ביסוד בעיית הניאו-קולוניאליזם הכלכלי באפריקה עומדים האמצעים הכלכליים ואמצעי הייצור הדלים של המדינות האפריקאיות שבמקרים רבים עומדת כלכלתן רובה ככולה על גידול חקלאי ליצוא. כמו כן, במקרים רבים ישנו מצב של מונוקולטורה, דהיינו שעיקר התוצרת החקלאית ליצוא היא מסוג אחד (כמו קפה באתיופיה, טבק ותה במלאווי, כותנה בצ'אד וכו'). מצב זה גורם לכך שכל כלכלתה של מדינה אפריקאית יכולה לקום וליפול לפי תנודות במחיר הבינלאומי של מוצר בודד, מצב שאינו קיים במדינה שלה יצוא מגוון.
הבעיה מעמיקה בשל תנאי הסחר הבינלאומי שמוכתבים בידי ולטובת המדינות החזקות. הסכמי סחר (כמו של האיחוד האירופי) וסובסידיות שמדינות המערב מעניקות לחקלאיהן מחד ואוסרות על מדינות אפריקה להעניק לחקלאיהן שלהן מאידך גורמים לעיתים למחיר שוק של תוצרת שאינו ריאלי ומתחת לעלות הייצור שלה באפריקה. במצב כזה מקבל המערב את התוצרת האפריקאית בזול, אך האפריקאים עצמם אינם מסוגלים להתפרנס מפרי עמלם.
בנוסף, העדר כמעט מוחלט של תעשייה יוצר תלות בייבוא עד לסכנה של מאזן סחר שלילי. מדינה אפריקאית מסוגלת להפיק כמויות גדולות של חומר גלם מסוים אך אין לה את היכולת לעבד אותו לכדי מוצר. לפיכך היא נאלצת לייצא את חומרי הגלם ולקנות בחזרה מוצרים מוגמרים במחיר גבוה ממה ששולם בעבור חומר הגלם. בשל העדר הון וידע לא מסוגלות מדינות אפריקה להקים בכוחות עצמן מיזמים כלכליים מכל סוג שהוא והן נדרשות לשם כך לידע והון של גופים זרים שגם גורפים את מרבית הרווחים, דבר זה בולט במיוחד בכל האמור בניצול אוצרות הטבע הרבים של אפריקה כאשר מרבית הרווחים מהמחצבים המופקים מאדמתן אינם נותרים במדינות אפריקה. מאידך, חוסר יציבות פוליטית ותדמית שלילית גרמו לרתיעה של משקיעים זרים מאפריקה, מה שאולי יכול לסייע בכדי להסביר את הזינוק של מדינות אסיה מול הנסיגה של הכלכלה האפריקאית מאז אמצע המאה.
בדומה להלוואה בשוק האפור, הלוואות הפיתוח שניתנו לאפריקה לא נוצלו כראוי (בוזבזו על נשק או מנגנוני שלטון מנופחים, מסואבים ובלתי-יעילים) וגררו תפיחה של החובות עד למצב בו אין למדינות אפריקה סיכוי להשיבם. החובות היוו מנוף בעבור הגופים המלווים ללחץ והתערבות בכלכלה האפריקאית וכפייה של מהלכים שנועדו למתוח את הכלכלות עד לקצה יכולתן במקום להרחיב יכולת זו. מהלכים של ליברליזציה כלכלית, הפרטה וצמצום המינהל הציבורי הגדילו את התפוקה (שאם היא מיוצרת במחירי הפסד או רווח נמוך, אין בה בכדי להועיל יתר על המידה לכלכלה) אך באו על חשבון שירותים חברתיים כמו חינוך, בריאות וסיוע לשכבות החלשות הרחבות. במצב בו אדם בור, רעב, חולה ומובטל, מסתבר שגם "ידו הנעלמה של השוק" תהיה קצרה מלהושיע.
מבחינת הירושה הקולוניאלית ראשית יש לציין כי היא האחראית במידה רבה למצב המונוקולטורה שתואר לעיל. שנית, הפיתוח הקולוניאלי התרכז בעיקר באזורים בעלי אינטרס מסוים, בעיקר כלכלי, אך המדינה האפריקאית צריכה להתמודד גם עם אזורים חסרי תשתית ואוכלוסיות נכשלות שלא זכו לשום הטבה מצד הקולוניאליזם.
בנוסף, הקולוניאליזם התייחס לאפריקה במידה רבה כפי שמתייחסות אליה מדינות העולם כיום, ראשית כספקית של חומרי גלם ושנית כשוק יעד לתוצרת תעשייתית. לפיכך הקולוניאליזם לא רק שהותיר אחריו מעט מאוד תשתית תעשייתית, הוא גם לא הותיר אחריו את היכולות להקים תעשייה. רווחי החקלאות והמחצבים בתקופת הקולוניאליזם הלכו אל מדינות האם ולאחר תום שלטונן לא נותרו במדינות אפריקה גורמים בעלי הון הנחוץ להשקעות (מה שמתקשר לכישלון ה ESAP, שהרי בעלי הון הם מרכיב הכרחי במכניזם הקפיטליסטי). בנוסף, החינוך האירופי ניתן במשורה ולשכבות מצומצמות, וגם במקרים של אפריקאים שזכו לחינוך אקדמי הייתה עיקר תכליתו שילובם במנגנוני המשטר ונגזרותיו. לפיכך חסרות המדינות האפריקאיות גם את הידע הדרוש לביסוסה של תעשייה או ניצול משאביהן, ובהעדר מהנדסים, אגרונומים, גיאולוגים וכו', הן עדיין תלויות בהון ובידע של מדינות זרות (זו למעשה צורה של ניאו-קולוניאליזם) לשם הקמת כל מיזם כלכלי או תשתיות. מצב זה נשמר ומנציח את התלות של מדינות אפריקה, למשל: חברה בינלאומית המקימה מכרה במדינה אפריקאית מעסיקה גיאולוגים ומהנדסי מכרות זרים ונסמכת על כוח אדם מקומי לביצוע העבודה "השחורה", היא אומנם משלמת משכורת לפועליה המקומיים ואי אילו מיסים אך עיקר הרווחים לא נשארים במדינה. עם תום הפרויקט הגיאולוגים והמהנדסים עוזבים אך אף אפריקאי עדיין אינו יודע כיצד לזהות מחצבים ולתכנן מכרות, האפריקאים זכו בדג אך לא למדו לדוג.
לבסוף, החוב החיצוני העצום של מדינות אפריקה כתוצאה מהלוואות הפיתוח וחשיפתן בשל כך ללחצים חיצוניים אינו מאפשר להן לקדם את אוכלוסייתן מבחינות רווחה, חינוך והכשרה ואף אינו מאפשר צבירה של הון, כך נותר מצב שעצם קיומו של החוב גורם לכך שחוב זה לא יכול להיפרע.