לאחר האופטימיות שליוותה את המפעל של האמפיריציזם הלוגי בניסיונו לנסח מתודה מדעית שתהיה כפופה אך ורק לתצפיות חושים ולוגיקה נמצאו ברבות הימים טעמים רציניים לפקפק באפשרות של מתודה שכזו. מראש עמדה בעיית האינדוקציה, כפי שהועלתה בידי דיויד יום כבעיה של הסקה ממקרים ידועים אל מקרים בלתי ידועים, כרועץ בפני המתודה המדעית. לאחר שניסיונות כגון אלו של רודולף קרנפ וקרל פופר לפתור או לעקוף בדרכים שונות את הבעיה לא צלחו, היה זה נלסון גודמן שהצביע על כך שלא ניתן להשוות את האינדוקציה מבחינה לוגית לדדוקציה וכי הבעיה איננה ביסוס התקפות של האינדוקציה אלא ניסוח הקריטריונים להבחנה בין היסק אינדוקטיבי שמקובל עלינו כתקף ובין כזה שאיננו. המשמעות של אבחנה זו היא כי המתודה המרכזית של המדע היא ביסודה קונבנציונליסטית. פול פייראבנד תקף שתי הנחות של האמפיריציזם הלוגי, עקרון הגזירות של תיאוריה אחת מאחרת ועקרון שימור המשמעות של מונחים במעבר מתיאוריה לתיאוריה והראה כי להנחות אלו אין על מי שיסמכו ומכאן הוא מסיק כי ייתכן מצב בו שתי תיאוריות יתאמו תצפיתית את אותן ראיות אך יסתרו זו את זו. תומאס קון הצביע על מרכזיותו של המרכיב הסוציולוגי והאפסטימולוגי במדע ועל יחסיות האמת כמותנית בפרדיגמה המשתנה שבמסגרתה פועל המדע. כמו כן טען קון כי המדע אינו מתקדם דרך צבירת ידע אלא דרך מהפכות שבמסגרתן הוא מחליף כליל את תמונת עולמו. ווילארד קווין שמט את הקרקע מתחת להבחנה הקנטיאנית בין משפטים סינתטיים ואנליטיים והתיזה הרדוקציוניסטית הגורסת כי טענה ברת משמעות היא כזו הניתנת להעמדה לוגית על מונחי תצפית אמפירית. מסקנתו של קווין היא כי מכלול הידע האנושי איננו אוסף פסוקי תצפית או נגזרותיהם שמאוששים כל אחד בנפרד כנגד המציאות האמפירית אלא "man-made fabric – מארג של משפטים תלויים הדדית, הכוללים גם מנגנונים מתודולוגיים ואף את פסוקי הלוגיקה והתצפיות האמפיריות עצמן, שהתקבלותם תלויה במוסכמות. התפתחויות אלו בפילוסופית המדע מטילות צל של ספק על הדרך שבה מציג עצמו המדע והדרך שבה הוא נתפס לרוב. תחת מנגנון שהרציונליות הבלתי מתפשרת שלו מבטיחה את התקבלותן של מסקנות אובייקטיביות ומבוססות מתגלה המדע ככפוף למוסכמות, כמכיל מרכיבים אפיסטמולוגיים וסוציולוגיים משתנים וכבלתי מסוגל באופן עקרוני להגיע לעמדה ולידע אובייקטיביים בנוגע למציאות. במילים אחרות, המדע הופך לחשוד כאידיאולוגיה.
אידיאולוגיה, כמדע, אף היא מושג שהוצעו לו פרשנויות שונות מאז נטבע לראשונה לפני למעלה ממאתיים שנה. איגלטון מונה 16 דרכים שונות, חלקם מוציאות זו את זו, להגדיר את המונח ומצמצמן לכדי שישה כיוונים מרכזיים הכוללים: אידיאולוגיה כתהליך של הפקת אמונות, רעיונות וערכים בחיים החברתיים, אידיאולוגיה כסימול המצבים וההתנסויות של חברה או קבוצה, אידיאולוגיה כקידום אינטרסים של קבוצה אחת כנגד האינטרסים המנוגדים של אחרת, אידיאולוגיה כהשלטת סדר חברתי המשרת את המעמד השלט, אידיאולוגיה כמסמלת רעיונות ואמונות שתומכים באינטרסים של המעמד השלט בדרך של סילוף ועיוות המציאות ואידיאולוגיה כאמונות מסולפות שאינן נובעות מאינטרסים אלא ממבנה החברה. הנקודה הבסיסית בה נפגשים כל כיווני ההגדרה האפשריים הללו היא שאידיאולוגיה היא תוצר אנושי, ספונטני או מכוון, המקיים יחס כלשהו של שניות והבחנה עם המציאות הקונקרטית ותלוי או קשור במבנים ו\או תהליכים חברתיים. במובן זה מקיימות מרבית ההגדרות האפשריות לאידיאולוגיה דיאלוג כלשהו עם ההגדרה שהביאה את המושג לקדמת הבמה הפילוסופית, זו של קרל מארקס שראה באידיאולוגיה ככסות מסלפת המציגה לבני האדם את מציאות חייהם באופן שונה ממה שהם לאמיתה. האפקט האידיאולוגי, גורס מארקס, הוא זה שמציג תוצר אנושי מלאכותי בתור מציאות טבעית והכרחית ובכך מנציח את יחסי המעמדות.
לאור האמור לעיל נדמה כי המדע אכן נמצא חייב בדין האידיאולוגיה. אכן ישנה תהום עקרונית שפעורה בינו ובין המציאות האובייקטיבית (כפי שטוען קווין), אכן הוא תלוי במבנים ותהליכים חברתיים (כפי שטוען קון), הוא אכן, ביסודו, תוצר אנושי (כפי שטוענים כל פילוסופי המדע שנסקרו לעיל) והוא אכן מציג עצמו, שלא בצדק, כאמת אובייקטיבית. אך הדיון בעבודה זו עדיין איננו מיותר עוד בטרם התחיל. המדע יכול להימצא זכאי במידה, למשל, והאידיאולוגיה הינה מסגרת שניתן לחרוג מהשפעתה ולהביט נכוחה על המציאות וזוהי למרבה ההפתעה למעשה עמדתו המשתמעת של פייראבנד (שתוצג להלן) הטוען לאפשרותה של ידיעה ריאליסטית מסוימת דרך עימותן של תיאוריות ואידיאולוגיות זו עם זו כדרך לפרוץ את גבולותיהן ומנגנון ההצדקה העצמית המאפיין אותן. המדע יכול להיות גם שונה מאידיאולוגיה במידה והוא ניחן בעצמאות שאינה תלויה ברוח זמנים מסוימת או מצב חברתי כלשהו, וזוהי עמדתו של אלתוסר (להלן) שגם הוא, כמרקסיסט, מבקש להשתחרר מעולה של האידיאולוגיה. במילים אחרות, שאלת הזיהוי של מדע ואידיאולוגיה, גם במצב בו "מדעי" אינו היינו הך עם "אמיתי", עודנה תלויה בשאלת מהותה ותפקודה של האידיאולוגיה ואופיו של המדע בשונה או בדומה לה
