בתחילת הדרך, למתנחלים והציונות הדתית היה נראה שהליכוד יהיה דומה להם בדעותיו ושהציונות של הליכוד חופפת את הציונות שלהם, ומהר מאד התברר שזה לא המצב. מיד אחרי עליית בגין החל המו"מ עם מצרים, ולאחר מכן הסכם השלום עם מצרים. בנקודה הזאת מתחוללת נקודת מפנה דרמטית, שכן הליכוד פונה לפשרה טריטוריאלית.
בזמן שבגין היה בקמפ דיויד, המתנחלים עושים הפגנות, ומנסים להקים מאחזים בשטח. המתנחלים עולים לחווארה ליד שכם. ממלא מקום בגין בהעדרו הוא יגאל ידין, והוא מוריד את המאחז, המתנחלים מנסים לעלות עוד פעם ועוצרים אותם על הכביש לשכם. המתנחלים מסרבים להתפנות. בגין מגיע איתם להסכמה שהם יתפנו בשקט תמורת הסכמה של בגין שתקום התיישבות אחרת ליד שכם שתעשה בהסכמה עם השלטון. צריך לציין שבהסכם קמפ דיויד היה מכתב נלווה בו התחייבו להקפיא את ההתנחלויות לשלושה חודשים. בהתאם להסכמה הזאת, בגין שולח את אריק שרון למצוא שטח מתאים להקמת ההתנחלות ליד שכם. שרון בוחר נקודה שעליה יקום הישוב אלון מורה הראשון (אלון מורה של היום הוא אחר). חלק מהבעלות על האדמה של אלון מורה הראשון הייתה פרטית, בידי משפחת דוויקאת. בעיני שרון זאת לא הייתה בעייה, כי כבר הפקיעו אדמות פרטיות בעבר. הבעלים של הקרקעות פנו לבג"ץ ובג"ץ היה מכריע שהאינטרס הבטחוני גובר על הצורך הפרטי והיו מכשירים את ההפקעה. כדי להתגבר על העיכוב שיהיה עקב הפנייה לבג"ץ, שרון החזיק בידיו את צו ההפקעה עד ליום העלייה על הקרקע. צו ההפקעה הגיע יחד עם הבולדוזרים, ושרון חשב שזה יקשה על העותרים לעתור על מעשה בדיעבד.
בג"ץ אלון מורה הוא נקודת מפנה ביחס להתנחלות בשטחים. כאמור, תחום השיפוט של מ"י לא חל על השטחים. בג"ץ הצליח לבנות קונסטרוקציה לפיה יש לבג"ץ יכולת לשפוט, שכן צה"ל הוא הריבון בפועל, וצה"ל כפוף לשיפוט בג"ץ. בג"ץ אלון מורה היה שונה מבגצ"ים אחרים שניתנו בעניין התנחלויות אחרות:
א. ראשית, שלושת השרים בעלי "היוקרה" הצבאית כפרו בצורך הבטחוני להקים את הישוב כשזה עלה לדיון בממשלה: עזר ויצמן, יגאל ידין ומשה דיין.
ב. שנית, חוות הדעת של הצבא (רפול היה רמטכ"ל) הייתה מאד לא משכנעת.
ג. שלישית, לעותרים הייתה חוות דעת יותר משכנעת מבחינה צבאית. הם קיבלו את חוו"ד מחיים בר לב שאמר שההתיישבות פוגעת בבטחון כי יצטרכו בעת מלחמה לשלוח כוחות להגן על התיישבות יהודית קטנה בלב השומרון.
ד. רביעית, במקרה הזה, ובניגוד לקביעות בג"ץ הקודמות, חוות הדעת של הצבא, השתכנע בג"ץ, הגיע אחרי ההתיישבות ולא לפניה (לפני זה, הצבא אמר שיש צורך בטחוני, ואח"כ הקימו יישוב). שופטי בג"ץ אמרו שהסדר הנכון שקודם יוכר הצורך, ורק לאחר מכן יש להקים את היישוב.
ה. חמישית, המתנחלים הורשו להגיש תצהיר כי עמדו לפגוע גם בהם, אבל למעשה המתנחלים הם לא צד בעניין (העותרים נ' מ"י). המתנחלים הגישו תצהיר אשר למעשה כפר בכל הקייס הבטחוני של המדינה. כתב את התצהיר מנחם פליקס שכתב: "הנימוק הבטחוני כבודו בעינו מונח, אבל הוא לא מעלה ולא מוריד". הנימוקים הבטחוניים בעיניו לא רלבנטיים.
בפסק הדין כותב השופט לנדוי שהנימוק התאולוגי הוא לא רלבנטי, והדין הרלבנטי הוא הדין של מ"י. בג"ץ אלון מורה עבור המתנחלים היה הלם. פרצה שביתת רעב של שישה ראשי מועצות ביהודה ושומרון אחרי הבג"ץ הזה. בתגובה כתב בני קצובר שבטחון כבר לא מהווה נימוק מספיק משכנע, ולכן צריך לשנות את המעמד החוקי של ההתיישבות כדי שהנימוק להתיישבות יהיה זכותנו להתיישבות במ"י. בפמפלטים של המתנחלים קם קול צעקה שאיך יתכן שלא נמצא חוק במ"י שיכשיר את התיישבות היהודים בארץ ישראל.
המתנחלים לא ראו את הבעיה בסיפוח השטח והחלת הדין הישראלי. המשמעות של סיפוח השטח הייתה למעשה לקבל למ"י עוד מליון אזרחים ערבים, ואף אחד לא חשב שזאת אפשרות אמיתית. הייתה רק הצעת חוק אחת לסיפוח השטח, ורק שבעה ח"כ הצביעו בעדה. לדעת גדי, הנבואה של לייבוביץ' שהכיבוש ישתלט על מ"י לא התגשמה, כי למעשה הדמוקרטיה נשמרה, ולא סיפחו את השטחים. לדעת גדי, השלטון בשטחים הוא לא שלטון אפרטהייד. משטר אפרטהייד כוונתו שלטון קבוע של הפרדה גזעית שבו יש שני סוגים של אזרחים. השלטון בשטחים לדעת גדי, הוא שלטון כיבוש, וגם הוא מלא סתירות, כי זה לא מסביר את קיומה של הרשות הפלסטינית וכו'. השלטון הישראלי בשטחים הוא לא קוהרנטי ומלא סתירות לדעת גדי.
לאחר בג"ץ אלון מורה, לקח שנה לפנות את השטח. שביתת הרעב נגמרת בלא כלום, ומגיעים שוב לצומת שבה התנגשה הגאולה בריבונות. בני קצובר אומר שהייתה התנגשות, שאם לא נשכנע את הצד השני לשנות את החוק, נפסיד בוויכוח לטווח הארוך. אם נמשיך לומר שההצדקה היא בטחונית נפסיד לטווח הארוך. הנסיון לשנות את החוק נכשל. הטיעון של המתנחלים הוא שלא ניתן לומר שיש כיבוש בשטחים כי עם ישראל אינו כובש בארצו. אבל ההגדרה שיש כיבוש בשטחים נובעת מהגדרה חוקית, לא מהגדרה מהותית.
נוצר שבר גדול בציונות הדתית, בג"ץ אלון מורה המציין התנגשות של המדינה בישוב היהודי בשטחים, והפשרה הטריטוריאלית בהסכם קמפ דיויד. כמו בכל צומת של משבר, במאבק בין הציונות החילונית לבין ההתנחלות הדתית, יש שני סוגים של תגובות:
א. התקשחות בגרעין הקשה של המשיחיות;
ב. התמתנות בשוליים.
ההתקשחות ותנועת הקיצוניים
בתגובה למשבר הוקמה מחתרת של המתנחלים. המחתרת עשתה שלושה פיגועים:
א. פיגוע פוליטי נגד שני ראשי ערים בגדה, שגרמה לקטיעת גפיהם;
ב. פיגוע בבית ספר בשכם;
ג. פיגוע באוניברסיטה האיסלאמית.
הפיגועים ניתלו בפיגוע שנעשה כנגד שישה תלמידי ישיבה שנהרגו בפיגוע. אבל לדעת גדי, הסיבה לפעולת המחתרת היא פעולה מתוך משבר. חשוב להדגיש שהגרעין הזה הוא גרעין קשה שניתק מהזרם המרכזי. לדעת גדי הדבר הבולט היה חוסר גינוי של הרבנים את הפעילות הזאת, למרות שהיא לא הייתה בזרם המרכזי של הציונות הדתית. יחד עם זאת, צריך לומר גם שלא מדובר "בעשבים שוטים". כלומר, מחד לא מדובר בזרם של ההנהגה, ובהחלט מדובר בקיצונים, אבל לא מדובר בעשבים שוטים בודדים בשולי הציונות הדתית.
בשפת הגאולה יש בעיה להסביר את הנסיגה בגאולה, ויש קושי להסביר מה אדם דתי צריך לעשות כשהמדינה פונה נגד הגאולה. הרי הרב צבי יהודה רואה בהתנחלות פוליטיקה אלוהית. אפשר לראות במשנתו של הרב צבי יהודה הצדקה לבגוד במדינה כשהיא הולכת כנגד תורת הגאולה. בעיני המתנחלים יש גם היקסמות מהקיצוניים כי הם עקביים.
יהודה עציון היה מצטט משבתי בן דוב מהלח"י (שלא היה דתי), הוא היה מיסטיקן, וממנו השאילו את את החתירה נגד המדינה. עפ"י יהודה עציון צריך לפעול כאוונגרד מהפכני כנגד המדינה להבאת הגאולה. המחתרת שמה לעצמה יעד לפוצץ את המסגדים על הר הבית כדי "להסיר את השיקוץ". המחתרת פורקה ע"י השב"ב בשנת 84'.
תגובת ההנהגה
תגובת הקיצונים איננה תגובת ההנהגה. לדעת ההנהגה המדינה חירשת לשפת הגאולה, ואם התצהיר של פליקס נדחה בבג"ץ, הרי שצריך לדבר אל המדינה בשפה שלה, הלא היא שפת הריבונות. בנקודה הזאת גוש אמונים מפסיק להיות הנציגות הפוליטית של המתנחלים ובמקומו מוקמת מועצת יש"ע (גוש אמונים ממשיך להיות מרכזי בתנועת ההתיישבות, אבל הוא מפנה את הבמה לטובת המועצה). היא מוקמת בעיקר מפוליטיקאים וראשי מועצות (בשונה מרבנים ואנשי רוח). הדגש הוא על תפקידים פוליטיים ומוסדיים ולא על תפקידים רוחניים. מועצת יש"ע ממומנת ע"י המועצות (בעקיפין ע"י המדינה).
