הסנהדרין או "הסנהדרין הגדולה", מוסד הנהגה ששמו קשור לירושלים, היא אחת הסוגיות הסבוכות במחקר מתקופת הבית השני, מחמת סתירות ואי התאמות העולות מן המקורות.
פירוש המילה היוונית – "ישיבה ביחד, התוועדות". בעולם ההלניסטי, רווח השימוש במילה זו כמונח משפטי שפירושו "מועצה".
יוסף בן מתתיהו מספר כי גאביניוס חילק את הארץ ל-5 סינהדריות, דהיינו לחמישה מחוזות נפרדים שכל אחד מהן נוהל בידי סינהדריה או סינהדריון – מועצה של נכבדים ואופייה היה ביורוקראטי בעיקרו.
יוסף בן מתתיהו משתמש במונחים, סנהדרין וסינהדריון, בכל פעם שמדובר בגוף שמכנס השליט החשמונאי או השליט מבית הורדוס ובזיקה לענייני משפט.
המסורת התלמודית מתארת את הסנהדרין כגוף שיפוטי עליון בעל יוקרה וסמכויות רבות, המורכב מחבר פרושים, 71 חברים, המתכנס בלשכת הגזית שבהר-הבית כדי לחרוץ דין, לפסוק הלכות ולהפיץ את התורה בקרב האומה כולה. דומה שהמסורת התלמודית מתארת מערכת משפט יהודית אידיאלית, כזו שראי לה להתקיים וככל הנראה לא התקיימה במציאות. הסנהדרין איננה בהכרח מוסד יהודי עליון כמתואר במסורת התלמודית.
משנעשתה יהודה פרובינקיה רומית, בשנת 6 לספירה, פקעה זכותם של היהודים לדון דיני נפשות וסמכות זו ניתנה לנציב הרומי. בידי רשויות יהודיות נשארו סמכויות שיפוט מוגבלות, בעיקר בעניינים דתיים מובהקים שהשלטון הרומי לא התערב בהם, כמו קביעת לוח השנה, ענייני טומאה וטהרה ועניינים הקשורים לפולחן בית-המקדש ואולי גם בענייני ממון. אם התקיימה סנהדרין מרכזית בירושלים הרי שסמכויותיה הצטמצמו לעניינים אלה.
מוסד אחר שפעל בירושלים היה הבולה – המועצה. את העמדה הדומינאנטית בחברה היהודית תפסה האצולה שהתגבשה בימי הורדוס ובמרכזה עמדו משפחות הכוהנים הגדולים ועשירי ירושלים ומתוך חוגים אלה נתמנו כנראה חברה הבולה היא המועצה של עיר ירושלים, שניהלה את ענייני העיר וגם עניינים שנגעו לכל האומה.
