משאל עם זה כביכול לגיטימציה ישירה, דמוקרטיה ישירה בתפארתה. הבעיה שנותרת היא הבעיה של כללי המשחק. בגלל שהמשאלים הם מכשיר שנקבע כל פעם להחלטה מסוימת, ניתן לעשות מניפולציה בכללי המשחק כדי להטות את התוצאות. הדוגמא הבולטת זוהי השאלה של הרוב. ניתן לקבוע כי ההחלטה תעבור ברוב פשוט אך יש גם התנגדויות לכך משם שזה יכול להיות רוב מקרי. גם אחוזי ההצבעה משחקים תפקיד חשוב בקבלת הרוב. הנימוק נגד רוב מיוחד הוא שמצב זה המיעוט הוא זה שמחליט, למיעוט יש וטו וזה נוגד את הדמוקרטיה שבה כל אזרח יהיה שווה רוב מיוחד.
ניתן לעשות מניפולציה לעיתוי שבו נערך משאל עם. עיתוי של משאל עם הוא מאוד חשוב וזה תלוי באירועים המתרחשים במדינה באותו שבוע / תקופה. העיתוי הוא משמעותי והוא בידיים של הרוב המחליט על המשאל.
גם השאלות שנשאלות, הן אפשרות לעשות מניפולציה. ניסוח שונה של השאלה משנה לפעמים את תוצאות המשאל.
עולה גם שאלה של תעמולה. סביר שהממשלה תקבע שיתקיים משאל עם שבו היא רוצה להשיג תוצאה מסוימת. האם מותר לממשלה להסביר כיצד תמומן התעמולה בעדם? איך מנהלים משאל עם שבו יהיה שוויון בתעמולה. סביר שהתקשורת לא תבטא את שתי הדעות בצורה שווה, אלא תיתן עדיפות לשלטון ולא ליושבים באופוזיציה.
האם אפשר לנתק שאלה מאיזה שהוא מכלול? נראה לנו ששאלה על עתיד השטחים צריכה להישאל בנפרד משום שהיא שאלת גורל. האם ניתן לנתק את סוגיה זו מסוגיות אחרות, כמו למשל מסוגיות כלכליות. יש שיטענו כי לא ניתן לנתק את זה משאלות ערכיות. שאלות אלו אומרות שעדיף להשתמש בדמוקרטיה ייצוגית משום שהפוליטיקאים מייצגים תפיסות עולם ולא מנתקים שאלה מסוימת ממכלול אידיאולוגי.
משאל עם יוצר מקור נוסף של סמכות, זה יכול ליצור בעיות של התנגשות משום שזה נתיב עוקף מניפולטיבי לבעלי עניין. המנהיג יפנה לעם כשזה יעניין אותם ולא בכל החלטה. יש כאן בידוד של בעיה מכלל הבעיות ובידוד זה אינו מקרי. הבידוד נעשה כדי להשיג רוב או כדי לא לעורר שאלות נוספות.
על פניו המשאל הוא כלי של דמוקרטיה השתתפותית והוא הכלי הדמוקרטי האולטימטיבי. עם זאת יכולות להיות בעיות של מניפולציות מצד השלטון. כמו כן, הוא עשוי להיות מכשיר אנטי-ליברלי, היוצא נגד מיעוטים.
