הכנסייה היא מוסד מיסטי שנהנה מערבות אלוהית להחלטותיו. בתקופה זו הכנסייה הופכת מאוסף של בישופים וקהילות נפרדות למוסד ריכוזי, אוטוריטי היררכי. הכנסייה מקבלת אליה, כמאמינים אנשים טובים ורעים וכך גם אנשי הממסד שלה. במשך כל ימי הביניים יהיו אנשים שלא מרוצים מההגדרה הזו. החל מהמאה ה-12 תעלה שוב המינות הדונטיסיטית שתדרוש מאנשי הממסד הכנסייתי להיות טהורים. הכנסייה הוציאה מתוכה מינויות יותר מכל דת אחרת. למרות שהיא היתה פתוחה לקבל מנהגים אך היא נוקשה מאוד בענייני דוגמת האמונה שלה. לגבי העולם הפוליטי- המורשת האוגוסטינית תפחית מאוד מחשיבותו המוסרית של השלטון החילוני.
במאה ה-5 מתחילים להמיר את המורשות הקלאסיות לדוקטרינות פוליטיות וכנסייתיות. הדוקטרינה הפטרינית- דוקטרינה זו עוסקת במבנה הכנסייה. היא פותחה על ידי ליאו ה-1 (הגדול) 440-461. "פטרוס" משמעו סלע ביוונית. הפסוק ממתי 16, 18 אומר: "כשמך כן אתה: פטרוס – סלע; על סלע זה אבנה את קהילתי, וכל כוחות שאול לא יגברו עליה. אני אתן לך את מפתחות מלכות השמים; כל מה שתסגור בארץ יהיה סגור בשמים, וכל מה שתפתח עלי אדמות יהיה פתוח בשמיים". זהו הפסוק עליו מבססת האפיפיורות את מעמד הכנסייה כגוף מיסטי. מצד שני היא טוענת כי מכיוון שפטרוס היה הבישוף ה-1 של רומא וממלא מקומו של ישו, הרי שהאפיפיור הוא ראש הכנסייה האוניברסלית האחת והיחידה. עם זאת, ארבעת הפטריארכים האחרים לא מקבלים את הפרשנות לגבי פטרוס כממלא מקומו היחידי של ישו. הם טוענים לשוויון בין השליחים ולכן לשוויון בין הפטריארכים.
הדוקטרינה הגלסיאנית- זוהי הדוקטרינה הפוליטית של הכנסייה שנקראת כך על שם גלסאוס האפיפיור בין השנים 492-496. יש שתי רשויות- דתית וחילונית. הרשות הדתית חשובה יותר כיוון שהיא עוסקת בנושא חשוב יותר- גאולת הנפש. השאלה היא האם כל אחת מן הרשויות היא אוטונומית, או שמא לרשות הדתית יש גם עליונות בתחום החילוני. הקריאה הפשוטה ביותר נשמעת כמצדדת באוטונומיה של שתי הרשויות. עם זאת, מעיון עמוק יותר במושג המשפטים הלטיניים ניתן לראות כי לכנסייה יש סמכות מחוקקת ולשלטון החילוני יש סמכות ביצועית בלבד, מה שמציב את האפיפיור כשליט עליון מעל הסמכות החילונית. זו המורשת עימה יוצאת הכנסייה לימי הביניים.
