הפילוסופיה של רנה דקארט נכתבה בגוף ראשון, ויש לכך השלכות חשובות מבחינת אמיתות הדברים.
"כללים להדרכת השכל"- ספרו של דקארט אשר לא פורסם
הספר מציע גם מדע אוניברסאלי חדש וגם מתודה הקשורה בו. המדע האוניברסאלי הזה הינו מדע של סדר ומידה, אשר מכונה בפי דקארט 'מאתזיס אוניברסאלי'.
מאתזיס = השורש של המתמטיקה, אך בתרגום חופשי הכוונה ללימוד.
מאתזיס אוניברסאלי, אם כן, הינו לימוד אוניברסאלי.
רנה דקארט סבור שיש מתודה כללית של יחסי סדר, אשר ישימה לכל התחומים (אותם ניתן לכמת כמובן). מדע, ע"פ התפיסה של דקארט, הינו דבר בעל מאפיינים מתמטיים, ובצורה הקיצונית ניתן לחשוב שמדע, ע"פ דקארט, הוא רק מתמטיקה. הוא חושב שאפשר לחלץ מתודה כללית אשר תהיה טובה לכל המדעים – למשל, פעולות חשבוניות או חוקיות הקשורה בסדר – אשר רלוונטיים לא רק למתמטיקה אלא לתחומים רבים נוספים.
בסופו של דבר המדע האריסטוטלי הוא קודם כל מדע של דבר מסוים (גם אם יש מדע אוניברסאלי, יש תחומי מחקר שונים שלכל אחד מהם יש את החוקיות שלו). דקארט, לעומת זאת, נותן את הדגש דווקא לחוקיות האוניברסאלית, ו'מדע' אינו מוגדר בכלל ע"פ הנושא שלו, ובלבד שנוכל לעשות בו סדר/מתמטיזציה (אחרת הוא לא ייתפס כמדע בעיניו).
דקארט קורא למתודה שלו גם "מתודה אנליטית" (וזאת עד לספר ההגיונות) – זוהי מתודה שלא נזקקת לשום 'עזרים' מבחוץ, ונשענת רק על 'אלגוריתם' אשר מאפשר השגת התוצאה באופן אוטומטי (למשל, משפט פיתגורס). מנגד, ניתן למצוא "מתודה סינטטית" – כזו אשר נשענת על 'גורמי עזר' אשר לא מובאים באופן אוטומטי (כלומר צריך 'לחשוב' על לייבא אותם).
הכיוון האנליטי הוא כזה אשר קודם כל מפרק את הבעיה למרכיביה, ואז מוצא את הפיתרון.
דקארט סבר שיש לשאוף לכך שכל המדע יהיה אנליטי, אך כמובן ששאיפה זו איננה ריאלית משום שישנם תחומים רבים אשר לא ניתנים ל'מכניזציה' או 'משטור'.
המתודה בספר "על המתודה" הופכת להיות משהו מאוד כללי, בה המתמטיות של המדע הופכת לדבר די זניח. הרעיון של הספק נכנס, למעשה, במטרה להגיע לוודאות – ולכן איננו לגמרי בלתי תלוי באספקטים המתמטיים, משום שהוא אמור להביא אותנו למצב של וודאות מוחלטת לגבי דברים שונים. אמונה בדרגה כזו גבוהה עליה מדבר דקארט קיימת, בחיי היום יום, בד"כ רק לגבי עניינים מתמטיים (כלומר, דרגת האמונה שלנו בכך ש 2+2=4 היא הרבה יותר גבוהה מדרגת האמונה מדברים אמורפיים שקיימים בדברים כמו מדע המדינה או מדעים שאינם מדויקים).
ב"הגיונות" ניתן למעשה למצוא יישום של כללי המתודה האלו אשר מובאים ב"על המתודה", בתחום המטא-פיזיקה ("פילוסופיה ראשונית").
במסגרת הכללים שטובע דקארט, הוא מציג את המונח "טבע פשוט" – אלו למעשה אבני היסוד בתחומים מסוימים, מנקודת המבט של ההכרה (כלומר, מנקודת המבט של 'איך אני מכיר את העולם').
במסגרת הטבע הפשוט הוא טבע מושגי יסוד להבנת הדברים:
נפש: דעה, ספק, רצון
גוף: צורה, התפשטות, תנועה
גוף+נפש: קיום, אחדות, משך.
ניתן לראות, שוב, כי מדובר ביישום של המתודה אותה טבע ב"על המתודה" – פירוק הדברים לגורמים היסודיים ביותר, ובחינתם וניתוחם במצב זה. במקרה זה הוא מראה את הניתוח היסודי ביותר – של הגוף, הנפש, והשילוב ביניהם.
'סדר ההכרה' הינו הסדר לפיו אנחנו לומדים להכיר את העולם (גוף, אח"כ נפש, אח"כ שילוב שלהם), והוא שמכתיב את המהלך של ספר ההגיונות. מנגד, נמצא 'סדר הדברים' (כלומר, הסדר של הדברים כפי שהם בנויים בעולם באמת). לא בהכרח קיימת התאמה בין 'סדר ההכרה' ובין 'סדר הדברים' (כלומר, אין התאמה בין הסדר של הדברים בעולם ובין הסדר בו אנחנו לומדים להכיר את אותם דברים). ההבחנה הזאת אותה עורך דקארט (והוא מתחיל ב 'סדר ההכרה') הינה אחת מנקודות התפנית החשובות מהפילוסופיה הישנה ובין הפילוסופיה החדשה. כלומר, בניית הפילוסופיה על סמך 'סדר ההכרה' ולא ע"פ סדר הדברים הינו אופן חשיבה חדש במהותו.