הכנסייה בתקופתו של תומס אקווינס יחסית ליברלית. בפריז אוסרים ללמד טקסטים והוגים מסויימים ואף מענישים את המרצים, בד בבד הכנסייה פותחת אוניברסיטה בטולוז ומצהירה ששם ילמדו טקסטים שבד"כ אסור ללמד. בסופו של דבר התיאולוגים הכנסייתים מקדמים את התיזה של סינתזה בין הנצרות ואריסטו. הדוגמא המפורסמת לכך היא בכתביו של תומס אקווינס (ואילו הדוגמא היהודית הידועה היא הרמב"ם ומורה נבוכים)
אקווינס עורך אבחנה ברורה בין תבונה ואמונה. בניגוד לאנסלמוס מקנטרברי (שהאמין כי ניתן להוכיח את השילוש בלי לפתוח את כתבי הקודש), הוא אומר כי ישנם דברים שהתבונה אינה משיגה בכוחות עצמה, אנו מקבלים אותם דרך כתבי הקודש ומאמינים בהם. יחד עם זאת, לא יכולה להיות סתירה ביניהם, בין התבונה והאמונה. אקווינס מפריך את אריסטו באותן נקדות בהן יש סתירה בינו ובין כתבי הקודש. הוא מפריך נקודות אלה באמצעות התבונה. אם הוא ישתמש במושגים מן האמונה כדי להפריך את "הסתירות" הרי הוא בעצם חוזר לתיזת שתי האמונות והוא לא רוצה לעשות זאת. הוא רוצה להראות כי לשיטת התבונה יש כשלים באריסטו (באותן הנקודות בהן יש סתירה עם כתבי הקודש). אקווינס אמר כי יש שוויון בין הטענה כי העולם נצחי ובין הטענה כי העולם נברא, אריסטו לא הוכיח נצחיות באופן חד משמעי ולכן אין שום סיבה לוגית, תבונית לשלול את הבריאה.
לפי תומס אקווינס יש ארבעה חוקים:
- החוק הנצחי- היקום הוא דבר מסודר, עבור הכל יש סדר ותכלית. כשיש תכלית יש תבונה ויש תכנון. לכן התכלית שלובה באופן בלתי נפרד בתפישה התומיסטית- התכלית היא חלק בלתי נפרד מן המציאות התבונית.
- החוק הטבעי- טבע הוא מה שיצורים טבעיים יכולים לגלות לשיטת החוק הנצחי.
- החוק האנושי- כפוף לחוק הטבעי. נותן פרטים שהחוק הטבעי אינו נותן כגון: מיסים.
- החוק האלוהי- מה שניתן בכתבי הקודש. מדוע זקוקים לחוק זה? שלושת החוקים האחרים נכונים לכל בני האדם תהיה דתם אשר תהיה. אם תכליתו של האדם היתה תבונית בלבד לא היה צריך חוק אלוהי. התבונה היתה מספיקה כדי לגלות מה לעשות. אך האדם מיועד לתכלית של התמסרות לאל, קבלת חסד, הגעה לגן העדן, אלה אינם חלק מן התכלית הטבעית של האדם ולצורך מילוי תכלית זו הם זקוקים לחוק האלוהי. לא יכולה להיות סתירה בין החוק האלוהי ובין שאר החוקים. החוק האלוהי מוסיף אך אינו סותר.
לפי אוגוסטינוס, האדם, כאשר הוא פועל לפי טבעו שלו, המושחת, הוא אינו יכול לממש את מלוא תכליתו. אקווינס אומר כי כל אדם באשר הוא אדם יכול לגלות את האמת באמצעות קשריו הטבעיים. בנוסף אקווינס טוען כי האדם הוא יצור חברתי. הוא מוכיח זאת על ידי הדגמה כי לצורך סיפוק צרכינו הבסיסיים ביותר אנו זקוקים לחברה. בעלי חיים לא בהכרח צריכים להתאגד כדי להמצוא אוכל ומחסה.
בדברים הנוגעים לתחום האזרחי יש לפי תומס אקווינס לתת תוקף סמכותי לחוק החילוני ולשליט החילוני אך האפיפיור מחזיק בידיו סמכויות דתיות וחילוניות ולכן לו יש סמכות להחליט בענינים אזרחיים. הסינתזה התומיסטית היא מטבעה שבירה ועדינה והיא היתה בסיס לויכוחים ולפרשנויות.
