מסע הצלב ראשון יצא לדרכו בקיץ 1096 פרק הזמן הזה נקרא "גזרות תתנ"ו" על שם הפרעות והשמד שירדו על יהודי מערב אירופה שבמהלכן נהרגו יהודים רבים . הצלבנים משתתפי מסע הצלב הראשון שהגיעו לקונסטאנטינופולוס, שם הם התנגשו עם הסלגוקים בקרבות ליד ניקיאה ודוריאלאום ואחר כך חדרו לצפון סוריה, כבשו שטחים נרחבים . ארץ ישראל הפכה לסלע מחלוקת בין שני מפקדים סלגוקים בכירים שמקורבים לסולטאן עצמו . בשנים שקדמו להופעת הצלבנים, בייחוד מאז מותו של הסולטאן מלך שאה זועזעה המדינה הסלגוקית ע"י מרידות תכופות ומלחומות אחים על ירושה הפירוד, הפיצול והחולשה הצבאית והמדינית ניצלו הפאטימים כדי לפלוש לארץ ישראל פלישטת הפטימים ארעה פחות או יותר באותו זמן נחלו הצלבנים את ניצחונותיהם הראשונים בצפון סוריה. בירושלים נמצא אפוא מאז אוגוסט 1098 חיל המצב פאטימי שבראשו עמד אפתח אלדאולה עם התקרבות הצלבנים חיזק מצביא מוכשר זה את ביצורי העיר גירש את הנוצרים מתוכה וסתם את מקורות המים שבסביבות העיר.
בעקבות הכיבוש הסלגוקי התדלדלה אוכלוסיית העיר . באמצע המאה האחת עשרה מנו תושבי ירושלים כ-20000 נפש אבל נתון זה לא מדויק. ניתן להניח שעזיבת התושבים נבעה מהכיבוש הסלגוקי ומהמהומות כלומר ההנהגה הרוחנית של היישוב היהודי יצאה ואתה עזבו גם התושבים.
ישנם מקורות נוספים שטוענים כי 70 אלף הרוגים בזמן הכיבוש הצלבני במסגרת מסע הצלב הראשון אולם מספר זה אין בו אחיזה של ממש משום שהוא כולל כנראה תושבים רבים מסביבות העיר שערב הכיבוש הצלבני בוודאי נמלטו העירה מפחד הצלבנים המתקרבים. לאחר המסע לאורך החוף נכנס המחנה הצלבני לתחומי א"י זה היה הקטע האחרון במסע הצלב הראשון מסע זה יצא לדרך 3 שנים קודם לכן והספיק לשנות את פני המפה המדינית במזרח התיכון ולהקים שתי מדינות צלבניות באזור. בראשית יוני 1099 עמדו משתתפי מסע הצלב הראשון בקרבת ירושלים השקיפו הצלבנים לראשונה על ירושלים המקורות הצלבנים מתארים בפרוטרוט את ההתרגשות הרבה שאחזה בצלבנים את השמחה ואת תפילות השבח וההודיה שנשאו כל הנוכחים שכשהם כורעים על ברכיהם . העיר הייתה מוקפת חומה ארוכה וחזקה ומדורונות תלולים הקשו את הגישה וההסתערות ועל הגנתה שקדו.
