נושא נוסף בו לוק היה חלוץ- מושג הסובלנות- toleratism.
אין למושג תקדימים לפני המאות השש-עשרה והשבע-עשרה, הוא נוצר סביב מלחמות הדת בעקבות המהפיכה של הרפורמציה, היו מאבקים פילוסופים רבים על פשר המושג. את עצם המושג לא נמצא לא בפילוסופיה היוונית ולא בפילוסופיה של ימי הביניים.
לוק לא היה הראשון אך ללא ספק הוא המנסח הגדול השיטתי של מושג הסבלנות במאה השבע עשרה.
כדאי לומר שסובלנות היא בראש ובראשונה עניין דתי (ראה: שורשי הסובלנות הדתית בתרבות המערב/ מירי אליאב פלדון ואלי בר-נביא). האופן בו המדינה מתייחסת למיעוטים דתיים בתוכה. בחברה שהיא לא הומגנית מבחינה דתית כמו חברה קתולית מסורתית של ימי הביניים. בעקבות הרפורמציה הנצרות עצמה מתפצלת להמון כתות שנאבקות זו בזו עד חורמה, נשאלת השאלה כיצד על המדינה להתייחס לכך. למדינה יש פרופיל שנקבע על ידי הרוב. במדינתו של לוק לדוגמא- אנגליה. אנגליה מאז הנרי השמיני היא מדינה נוצרית אנגליקנית ומלך אנגליה הופך לסמכות הגבוהה ביותר של הכנסייה האנגליקנית עד עצם היום הזה. אז מה עם קתולים באנגליה? נשאלת השאלה איפה המדינה עומדת ביחס לאותן חברות מיעוט דתיות שנמצאות במדינה.
כל התורה הזאת נמצאת באיגרת על הסובלנות.
לארגומנט על סולבנות יש שלושה שלבים.
טענה ראשונה- אנו לא יודעים את האמת הדתית בוודאות- טיעון אפיסטמולוגי אפשר להגיד. מה היא הדרך הנכונה לפעולת הנפש, מה הוא סוג הפולחן אותו אנו צריכים לנקוט, לעולם לא נוכל לדעת בוודאות. אם אתה לא יודע תתיחס בסובלנות למי שאתה לא מסכים איתו, אולי הוא יודע, עדיין יש סיכוי מסוים שהוא טועה ואת צודק.
טענה שנייה- אפילו לו ידענו את האמת הדתית בוודאות אי-אפשר היה לכפות אותה על הזולת. כאן הטענה היא פרגמטית מבחינה פילוסופית. יש עניינים שאפשר לכפות על בני אדם ויש כאלה שאנחנו לא יכולים לכפות. אנחנו לא יכולים לכפות אמונות ודעות על אנשים. ככל שהאמונה היא עניין יותר עמוק ומצפוני כפי שהמהפכה של הרפורמציה טענה בנוגע למה זה להיות נוצרי מאמין.
אם אתה לא מאמין באלוהים אי-אפשר לכפות עליך אמונה באלוהים. לוק אומר, אפילו לו ידענו את האמת, אם המדינה מחזיקה בוודאות באמת היא יכולה לבנות את החוק בצורה כזו שתחייב אותנו לעשות מעשים אבל לא תוכל להביא אותנו להאמין במה שהיא רוצה בצורה מלאה.
טענה שלישית- נורמטיבית, מוסרית- אפילו אם ניתן היה לכפות אמונות דתיות על הפרטים אסור היה על המדינה לעשות זאת משום שזו לא הפונקציה שלה. ארגומנט פונקציונאלי- זה לא העסק של המדינה מה האנשים שנמצאים בה מאמינים- כאן הבסיס להפרדת הדת והמדינה. הסמכות שהמדינה שואבת מהאזרחים הוא דרך המנגנון של מצב הטבע והאמנה החברתית, כל זה לא נמצא בתחום של בין האדם לבין האלוהים, אלה יחסים לא פוליטיים.
לכן הפונקציה של המדינה היא ארצית ושל הדת, של הכוהנים היא פונקציה רוחנית.
מה שעומד בסופו של דבר מאחורי שלושת הארגומנטים הללו זו ההבחנה בין הפרטי- לציבורי שזו אבן יסוד של כל תפיסה ליברלית, המדינה צריכה לעסוק אך ורק בתחום הציבורי. התכנים בהם אני מאמין (מבחינה דתית) והפולחן אותו אנו נוקטים אינו עניין של המדינה.
לוק אומר שהמדינה צריכה לסבול לא רק את סוגי הזרמים הנוצרים למיניהם אלא אפילו את היהודים והמוסלמים. היוצא דופן גם אצל לובס וגם אצל לוק אלא אתאיסטים. אתאיסטים הם בלתי נסבלים- זאת משום שבסופו של דבר מי שלא מקבל כל סמכות טרנסצנדנטית אין לנו ביטחון שהוא ידבוק באמנה החברתית. המצפון של האדם אצל לוק מופנה כלפי אלוהיו, אתאיסטים הם אנשים שאין אלוהים בלבם, אדם שמנסה לתפוס טרמפ על האמנה החברתית הוא כזה שאין לו אלוהים בליבו.
לוק הוא גם אבי הקפיטליזם, כאשר אנו מתחילים לצבור הון אנחנו לא צריכים להשאיר מההון גרוש לאף אחד, זאת בניגוד לאדמות של אי-קטן שבו אנחנו צריכים להשאיר חלקת אדמה לכל אחד. כאשר אנו לא חייבים לחלק את ההון, את הכסף שלנו אנחנו מגיעים למצב של קפיטליזם פרוע.
המעבר מקניין לכסף הוא לא נעים אצל לוק.