במשך רוב התקופה בה הייתה ירושלים נתונה תחת השלטון הביזאנטי (בר כוכבא ועד לכיבוד המוסלמי) מאפיינים את תולדותיה הקשרים המתהדקים עם הדת הנוצרית. ירושלים שתפשה מקום חשוב ומרכזי במסורות הרבות על לידתה וצמיחתה של הדת הנוצרית הביאה לכך שהקיסרים יפעלו רבות בעיר ובסביבתה לפיאור אתריה השונים שהוזכרו בספרי הברית החדשה. בתקופה זו בה השתרשה הנצרות, עלתה יוקרתה של ירושלים כבירה דתית של הקיסרות כולה ואנו עדים למאבק שהתחולל בין חוגים שונים להכרה רשמית במעמד יוקרתי ומיוחד זה. מעורבותה של ירושלים במחלוקות התיאולוגיות שהסעירו את האימפ' כולה והשגת מעמדה של פאטריארכיאט קירבו את בישופה לבעלי תפקידים בכירים בכנסיה, שבה נקבעה מדיניות קיסרית כללית וע"י כך קנתה לעצמה ירושלים יוקרה ומעמד החורגים מעבר לחשיבותה כערש הנצרות או כעיר בשולי הממלכה.
ההכרה ביוקרתה המיוחדת של ירושלים על רקע המורשת הדתית הקשורה בה למתן במעמד המיוחד שהוענק לירושלים בועידת ניקאה בזכות היותה ערש הנצרות הייתה חומר נפץ משום מעמדו המטרופוליטאני של בישוף קיסריה ואכן למחרת הועדה החלה הפעילות הקדחתנית של חשיפת המקומות הקדושים בירושלים.
המאבק על ענייני סמכות ומעמד בין בישופים קיסריה שהתבססה על תקדימים פוליטיים שנבעו מחשיבותה המנהלית לבין בישופים ירושלים שמעמדה נבע מיוקרתה הדתית ההולכת וגדלה. מאבק זה גרם לבישוף ירושלים לחרוג לא פעם מסמכותו, לנקוט עמדות עצמאיות, להתערב במינויים לכהונות ואף לתבוע לעצמו מעמד בכיר מזה של הבישוף במטרופוליטאני. היריבות על הבכורה לבשה לעיתים צורה של מאבק על עקרונות האמונה, בהקשר זה בלט יובנאליס – בישוף ירושלים שאפתן ונמרץ שלא הסתפק בבכורה על פני קיסריה בלבד אלא שאף להשיג עליונות גם על פני אנטיוכיה. שאיפה זו אפשר להבין על רקע ההכרה שזכתה כנסית ירושלים כ"אם כל הכנסיות" שכמוה כהכרזה על עליונות בישופות ירושלים על פני קיסריה שימשה ליובנליס נקודת מוצא כדי להשיג לבישופותו הישגים גדולים יותר. לצד יובנליס בלטה דמות מפתח אחרת בנוף הפוליטי של ירושלים במאה ה-5. הייתה זו הקיסרית אודוקיה שבמשך שנות שהותה בירושלים הייתה גאוות גדולה בתחום הבניה ושיפור פני העיר. שיתוף הפעולה בין השניים הביא למפעל בנייה גדול כמו כנסיות מוסדות ציבור, בתי חולים, בתי מחסה ועוד. בולטת בעיקר תופעת פולחן טיפוח המקומות הקדושים כמו כנסית האם וכנסית סטפאנוס כאשר הרקע לכך הוא הרצון להבליט את ייחודיותה ויוקרתה וקדושתם של ירושלים על פני בישופות אחרות. תופעה זו גררה אחריה את תופעת הצליינות כאשר רצונם של המבקרים הוא לראות את מקום התרחשותם של עלילות כתבי הקודש על מנת לזכות בהבנה טובה יותר של הכתוב ולחוות חוויה דתית במקום התרחשותן של עלילות הברית החדשה.
הצליינות תרמה תרומה נכבדה לקידום יוקרתה הדתית של ירושלים. והיא גם מסבירה את עליית קרנו של בישוף קהילה נוצרית היושבת בירושלים או בקרבתה.
במאה ה-6 חלה עלייה במעמדה של ירושלים כתוצאה מתרומתו של הקיסר יוסטיניאנוס לתפארתה של עיר הקודש שבנה את ה"כנסיה החדשה של יולדת האל". ה"נאה" שהייתה בנויה לתפארת וקושטה בכל הקישוטים.
בתקופה זו חל איסור מוחלט על התיישבות היהודים בירושלים. ראשיתו באיסור שהטיל אדריאנוס. במדיניותם כלפי היהודים אימצו הקיסרים את עמדתה הרשמית של הכנסייה. בעיניהם ראויים היו היהודים, שכפרו בישו, לפורענויות שפקדו אותם ומוצדקים היו האמצעים שנקטו נגדם השלטונות. אולם הקיסרים נהגו גם כראשי מדינות המעוניינים על שמירת הסדר הציבורי ולכן הקפידו על כך שכל האמצעים שננקטו נגד היהודים יהיו מודרכים ומכוונים ע"י השלטונות ולא יהיו נתונים לשרירות ליבם של קנאים דתיים הפועלים ביוזמה פרטית. למדיניות האנטי יהודית של הקיסרים היה גם היבט פיננסי – הרצון לסחוט מהר כמה שיותר. מדיניות זו משתקפת בצעדים ובפעולותיה של אודיקיה שמצד אחד העניקה הקלות של ממש פרט להרחבת היתר העלייה לרגל ומצד שני ניסתה לרסן את עדת הקנאים של צומא. אם נכונה ההשערה שהרחבת היתר העלייה לרגל קשורה לסחיטת כספים, הרי זה תואם את מדיניות הקיסרים כלפי היהודים.
