המאה ה-15 עמדה בסימן הסכסוך עם הנזירים הפרנציסקאנים על אתרים שונים בהר-ציון, שהיהודים המשיכו לתבוע בעלות עליהם. בשלהי העשור ה-7, הגיע הסכסוך להכרעתו של הסולטאן הממלוכי. בפסק דינו הגביל את חופש תנועת היהודים בירושלים, הוא נישל אותם לחלוטין מהר ציון ונאסרה עליהם הכניסה להר-הבית.
לפרשה המורכבת של הסכסוך בעניין המבנים על הר ציון, היו השלכות על יחסי יהודים-נוצרים גם באירופה. במרוצת המאה ה-15 יצאה לא אחת הפקודה לספנים, שלא להעביר בספינותיהם, נוסעים יהודים לארץ-ישראל ומנה. פקודה זו מכונה, בספרות העברית, "גזירת הים".
